Эволюция распознающих механизмов, вызывающих уничтожение чужеродного материала, могла происходить только одновременно с совершенствованием механизмов, защищающих от повреждения «своих» тканей.
Факторы естественной защиты, такие, как фагоцитоз, лизоцим, С-реактивный белок, активированный по альтернативному пути комплемент и т.д., нормально активны лишь против ограниченного спектра субстанций, включая микроорганизмы и «свои» уже повреждённые ткани. Механизмы адаптивного иммунитета, т.е. Т- и В-лимфоциты с их огромным набором рецепторов, явно нуждаются в ограничении активности тех рецепторов, которые способны распознавать «своё». Такая агрессивность не может быть обеспечена на генетическом уровне, так как «свои» молекулы и рецепторы, способные их распознать, наследуются совершенно отдельно. Например, у носителей группы крови А вырабатываются анти-В-антитела, и наоборот. Таким образом, АВ-ребёнок от А-отца и В-матери наследует способность продуцировать анти-А- и анти-В-антитела, но для нормальной жизнедеятельности не должен производить ни одно из них, т.е. быть толерантным к А- и В-антигенам эритроцитов.
В иммунной системе аутореактивность (т.е. реактивность против «своего») сдерживается на нескольких уровнях. В левой части рисунка представлены три основных типа адаптивного ответа, в центре — механизмы, сдерживающие аутореактивность. Кроме клональной элиминации аутореактив-ных клонов, всегда считавшейся основной причиной неотвечаемости иммунной системы на «свои» ткани, обнаружено множество других регулирующих механизмов, нарушение любого из которых может привести к аутоиммунному ответу. В определённых условиях (справа на рисунке) сдерживающие механизмы могут быть запущены нормальным антигенным «не своим» материалом. Иммунная система воспринимает эти вещества как «свои» и не отвечает на них — состояние, названное толерантностью. Это может оказаться полезным при пересадке органов, но может привести к очень тяжёлым последствиям при некоторых инфекциях. Видео подразумевает специфичность по отношению к тому антигену, который её вызвал, и в корне отличается от неспецифической неотвечаемости, вызванной поражением иммунной системы в целом. В литературе толерантность часто ставят в прямую зависимость от клональной элиминации. К сожалению, в большинстве случаев клональная элиминация слишком труднодоказуема, чтобы говорить об этом с уверенностью.